第 1 集
李言闻是鄿州濒湖的名医，他有感民间医生的社会地位低微，故希望二子李时珍能考取功名，出人头地。珍受父的影响，沉迷草药研究，即使在备考期间仍替病人诊症。珍邂逅假装‘药仙’来赠医施药的冬青，欣赏她的侠义心肠。闻为守故友承诺，要珍在高中科举后迎娶荆王的外甥女吴慕榕。荆王却嫌弃李家社会地位卑微，对他们存有偏见。榕仰慕珍的才华，期待早日下嫁他。寡妇刘一姐因难产而气绝休克，家人误以为她已死，将下葬。岂料下葬时胎儿作动，棺木中流出血水，幸珍与青及时发现将她救出。姐顺利产子，视珍及青为恩人。珍的抱负是行医，对科举考试不感兴趣，无奈在闻的再三施压下不得不答应到武昌赴考。
第 2 集
闻要珍在书院寄读以应付科举，珍无奈答应。姐得青相救后与她成为好友，更视青为儿子虾的谊母。青受父小地藏的影响，对行医产生兴趣，她为屏除社会对女子行医的偏见而立志要一鸣惊人。渔夫金水因脚患而向珍求诊，由于珍答应闻在备考期间不行医，遂找来青协助。珍认识了太医院的高才生庞宪，向他借医书遭拒绝，后宪被他的诚意感动才答应商借。珍陪伴青四处采药，二人志趣相投，惺惺相惜，不自觉的对对方产生好感。然而珍有婚约在身，没有向青表白。他郁结难解，只好向兄李果珍倾诉。宪在濒湖邂逅榕，对她一见钟情。另方面，榕几经辛苦才获得‘状元笔’送赠珍，珍感动。
第 3 集
榕身体虚弱，珍弄来补汤给她调理。果在采药时认识了青，对她印象难忘。珍见果在丧妻数年后觅得对象，鼓励他追求心仪的女子，珍没想到两兄弟喜欢的同是一人。果为青修补房屋，青却误会是珍安排。珍打算向青表白，并决定赴考归来便与榕解除婚约。珍鼓励果向心仪的女子提亲，并送他信物以作提亲聘礼，不料青却误会珍派果来提亲，一口答应。珍在武昌考试期间，无意中开罪了陈考官。珍在试场目睹朝廷大臣严嵩的儿子严世藩贿赂舞弊，他揭发事件，却反被狠狈为奸的陈考官及藩冤枉作弊。珍被赶出试场后忧愤成疾，病重，幸青及时为他诊治。
第 4 集
榕瞒着荆王到武昌找珍，在途中遇上贼人，幸宪仗义相救。宪再次遇榕，对她更是念念不忘。青听闻有神医断错症令村民死去，细查下发现此神医是藏。藏医术高明，加上肯大胆用药，敢于医治不治之症。藏没有医籍，常在行医期间出意外。珍一直昏迷，根本不知道是青救了自己。青本欲送珍回乡，阴差阳错下，却由榕将他送回，结果珍误会榕是自己的救命恩人。珍从果口中惊闻青已答应了他的婚事，晴天霹雳。珍与果兄弟情深，为了果的幸福而决心让爱。荆王得悉珍再次落弟而决意退婚，榕大受打击。榕未能嫁珍，削发为尼，感情失意的珍被榕打动，决定迎娶她。
第 5 集
荆王反对榕的婚事不果，气结。珍成亲后，青才赶回濒湖。她惊闻珍已另娶他人，伤心欲绝，与他决裂。果见青喜欢的不是自己，明白是自己一厢情愿，故决定放弃婚约。姐怪罪果令青错失良缘，时加揶揄，与他成为一对斗气冤家。闻不再坚持，答应让珍行医，并将家业传给珍。榕嫁入李家后洗尽铅华，过着简朴的生活。闻妻张娇视榕为接班人，她将家务和技能传授给榕，榕感到压力。榕的侍婢见喜经常探望榕，二人关系良好。县官林知县服用珍开的药方后中毒，他误会珍配错了药，经查察下，发现原来是荆王兼管的惠民药局抓错了药。
第 6 集
娇将家中杂务交由榕打点，榕不适应，弄致精神紧张，面上长满黑斑。珍彻夜不眠来寻找医治榕的方法，榕感到受冷落，误会珍嫌弃自己现在的容貌。珍求藏医治榕，脾气古怪的他没有答应。宪到濒湖找榕，榕没有向他承认身分，宪因此误会自己认错人。珍再找藏，时青出现，珍才得知青与藏的关系。藏本欲答应珍的要求，但想到青的感受后便打消念头。藏写下医治黑斑的药方，让青决定是否交给珍，青面对自已曾经爱过却已不属于自己的珍，深感矛盾。珍体谅青的感受，明白要她交出药方是一件困难的事。
第 7 集
珍爱榕之情感动了青，青不再执着，将药方交出，并穿针引线，叫藏收珍为徒。青与珍从此以师兄妹相称。榕病愈后，娇没有让她打理家务，榕无所事事，找喜教授自己厨艺。疫症爆发，村民争相购药。珍要求荆王和林知县拨款来赠医施药，同时公布疫情。林知县不欲事件给张扬，以免为朝廷怪罪，故不惜牺牲村民的性命来自保，引致疫情一发不可收拾。宪在濒湖实习，他向荆王自荐到惠民药局医治村民。疫情告急，珍在城门外设置临时检疫站；村民争相检疫，引发集体殴斗。宪见珍对抗疫的热诚，愿协助珍与村民共渡难关；珍成为抗疫英雄。
第 8 集
珍将染病的村民集中在山上医治，青、闻等共同协助。抗疫期间，青与珍共同研究药方，二人志同道合，青对珍的爱火重燃。榕弄来美食慰劳各人，娇才发现她秘密学习厨艺。宪向高官筹款，将款项用作购买名贵药材给病人调理身体，珍感激。珍从藏身上得到启发，研制出蒸醋消毒法。无良奸商售卖假药，珍将他们逐一驱赶。病人得到珍及青等的治理后渐渐康复。珍操劳过度，染上疫症。榕得知珍染病，担心不已。藏发现田鼠有治疗瘟疫的疗效，遂提出以田鼠医治病人；宪反对没有理据的方法，惟青却赞成一试。
第 9 集
珍研制鼠药汤，并以身试药，希望其他人会顺服它的疗效。珍的病情恶化，他在病榻中向青表白心迹，青虽感动却不敢接受。鼠药汤终发挥疗效，珍病情好转。抗疫成功，林知县邀功，遭村民谴责。宪为助林知县挽回民心，提出向朝廷拨款捐助受害人家属。珍眼见疲症期间官方药局抓错药，加上奸商售卖假药，决定重修历代本草纲目，让世人辨别真伪。珍向荆王要求支助重修本草纲目，荆王见花费庞大而拒绝。珍希望借助太医院的力量来达成心愿，宪愿协助他将大纲上奏朝廷。荆王的堂兄楚王携孙儿恒拜访荆王府，榕与珍往拜会。珍治好了恒的怪病，获楚王赏赐。
第 10 集
楚王见珍的医术高明，聘用他在王府任奉祠正（即祭祀礼节的官员）。珍向青话别，青不舍。青考虑到女子行医不被信任，故女扮男装到京城行医，希望有朝能打出名堂。青治好楚王长子大王子的怪病，又帮助他解开心结与楚王修好，楚王感激，不再计较她的女子身分。珍欲推荐青到良医局工作，楚因良医局只聘用男性而婉拒。青的事业受挫折，幸得珍鼓励，青决定经营药膳来延续医人的心愿。皇宫招揽人才，楚王推荐珍考取吏目来填补太医的空缺。珍在太医院重遇宪，宪暗想有机会与他一比高下。
第 11 集
珍在考试中表现出色，最后获太医院使许绅和掌管太医院的嵩选为吏目。青觅得铺位经营药膳，珍送信通知家人喜讯并邀请他们入股药膳。姐提出到京城协助青，其翁姑反对，她一怒下抱虾离家。榕同情姐的遭遇，让她暂居家中。珍虽然公务繁忙，但仍抽空协助青打点新铺。嵩在街头被野狗咬伤，宪路过为他诊治，惜情况没有好转。太医院有官员死于狂犬症，加上一般治疗此症的药方无效，所以绅对嵩的脚患不敢轻率处理。绅恐嵩怪罪自己未能治好脚患，遂与众太医商讨对策。珍提出以狗的脑髓制药来治嵩，众猜疑疗效。
第 12 集
珍治好嵩，获赏赐；他提出上书皇帝嘉靖来批准太医院重修本草纲目，不料嵩却反对。宪妒忌珍，认为他被楚王推荐才获得吏目一职。珍无遐打理家务，青俨如女主人般为他打点。藏与青会合，他看穿青对珍余情未了，青直认不讳。锦衣卫庞百川携子宪拜会嵩，嵩赏识宪，欲招揽他到制药房替靖炼制丹药，宪婉言拒绝。珍向绅推介田七为宫廷用药，绅指田七没医学记载，拒绝。川受伤，他分别让宪及珍治理，结果珍以田七治好他，宪睹状，终信服珍的医术远胜自己。珍与青均按捺不住对对方的感情。珍与榕及家人会合后，只好将青的感情藏于心底。
第 13 集
榕与珍的夫妻生活虽然和谐，但仍感到与珍存有隔膜。珍自行修订本草纲目，青从旁协助，榕希望出一分力，提出协助珍绘画插图。榕为让珍带来惊喜，暗中找画家刘雪湖学绘画，因湖不收妇人为学生，故榕以少女打扮出现。宪在画室重遇榕，他为追求榕而学绘画。青的‘珍膳美’药膳开张，青及珍的家人为新店造势。珍发现方士邵元节在皇宫行径古怪，查察下发现他为靖研制长生不老丹药。榕为了打探太医院的公务以了解珍的工作情况，所以没有向宪表明已婚的身分。珍看见节要宫女食桑叶和饮露水，不解。
第 14 集
榕学习绘画后，画功大有进步。榕请宪讲解草药知识，宪感到与她志趣相投。娇、青分别看见榕以少女装扮与男子约会，怀疑她有奸情。嵩为了要靖言听计从，指使节使计令靖相信长生不老药的功效。宪携榕到郊外写生以增加对草药的认识，珍跟踪她，发现她与宪约会，不欢。珍从宪口中得知他心仪的女子是榕，一愕；珍欲说出真相却害怕伤害宪。珍告诉青榕有婚外情，青开解他。榕暗中学绘画的事被揭穿，珍才明白榕的苦心。珍查得嵩及节抽取宫女的血供靖服用，觉事有蹊跷。
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